حرم مطهر حضرت معصومه (س) چندین مرتبه تجدید بنا و اصلاح شد و سال‌های متمادی روی مرقد فاطمه معصومه باقی بود تا این که در سال ۱۳۶۸ هجری شمسی به دستور تولیت آن زمان شکل ضریح را تغییر دادند و ضریحی را با ظرایف هنری ویژه‌ای به جای آن نصب نمودند که آن ضریح همچنان برفراز قبر فاطمه معصومه برقرار است و در اسفند ماه ۱۳۸۰ شمسی اصلاحات و تعمیرات جدید صورت گرفت. تمام قسمت‌های نقره‌ای ضریح از نقره ۹۲ درصد با نقره ۱۰۰ درصد خالص خریداری شده از بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایرانتعویض شد و چوب‌های زیر آن اعم از ستون و پایه و… به دست استادان اصفهانی ساخته و قلم‌زنی شد و کارشناسان آستانه مقدسه (قسمت نقره‌ای) آن را تعویض کردند و ضریح سابق فرسوده شده را به خزانه تحویل داده شد. گرداگرد مرقد، دیواری به بلندی دو متر و طول و عرض تقریبی (۸۰ در ۴۰) قرار دارد که در سال ۹۵۰ بنا گردید و با کاشی معرق آراسته شد که اکنون این دیوار با ضریح مشبک از جنس نقره پوشیده شده است. معماری ناب ایرانی و اسلامی در سراسر حرم مطهر بکار گرفته شده است.
هنر اسلامی به ویژه معماری اسلامی بر پنج بایهٔ مردم واری، خودبسندگی، پرهیز از بیهودگی، بهره‌گیری از پیمون (مدول) و نیارش و درون گرایی نهاده و بی شک هنرمندان مسلمان ایران بیش از از دیگران بدانها پای بند بوده‌اند. معماری در جهان اسلام یکی از بزرگترین جلوه‌های ظهور یک حقیقت هنری در کالبد مادی بشمار می‌رود. از لحاظ تاریخی معماری اولین هنری بشمار می‌آید که توانست خود را با مفاهیم اسلامی سازگار نموده، از طرف مسلمانان مورد استقبال قرار گیرد. معماری اسلامی بعنوان یکی از موفق‌ترین شیوه‌های معماری در تاریخ معماری جهان قابل بازشناسی است. در یک نگاه جامع نگر می‌توان پیوستاری ارزشمند و پویا را در بناهای اسلامی باز شناسی کرد که موجب شده تمامی آنها در قالبی واحد با عنوان معماری اسلامی در کنار یکدیگر قرار گیرند.
