معماری در جهان اسلام یکی از بزرگترین جلوه های ظهور یک حقیقت هنری در کالبد مادی بشمار می رود. ازلحاظ تاریخی معماری اولین هنری بشمار می آید که توانست خود را با مفاهیم اسلامی سازگار نموده، از طرف مسلمانان مورد استقبال قرار گیرد. مسجد جامع نایین با الگوبرداری از مسجد پیامبر در مدینه ساخته شده‌است. حیاط بزرگی در میان دارد و پیرامون آن را شبستان‌های ستوندار گرفته‌است. دهانه میانی روبه قبله و دهانه روبروی آن که ورودی مسجد است پهن تر و گشادتر از دهانه‌های دیگر است. مسجد جامع نائین دارای شبستان ستوندار است و بخشی از آن از مسجدهای بومسلمی گرفته شده‌است. مسجد نائین به شیوه خراسانی ساخته شده‌است، در زمان آل بویه و آل کاکویه بخش‌هایی به آن افزوده شد. بخش شبستان جنوبی قدیمی ترین قسمت آن بود که در شیوه معماری رازی دگرگون شد. نما در شیوهٔ رازی ساخته شد ولی خصوصیات شیوه خراسانی را دارا ست. این تغییرات شامل تغییر طاق مازه دار به تیزه دار است و این مسجد اولین مسجدی است که در آن طاق مازه داز به تیزه دار تیدیل شد. نیم طیقه دوم شبستان جنوبی که بخش زنانه مسجد است در قرن هشتم به آن افزوده شده‌است. نیم طاق‌ها و و ستون‌های شبستان از شیوه رازی هستند، روی ستون‌ها گچبری زیبا کار شده‌است و آمیزه‌ای از چهره نگاری یافت می‌شود. در مسجد جامع نائین دو نوع کتیبه وجود دارد که یکی از آنه گچبری است و دومی با رنگ روی گچ ترسیم شده است. کتیبه‌هایی که با رنگ ترسیم شده متعلق به قرن پنجم هجری و به خط کوفی و کلاً بر روی سر در ورودی مسجد از داخل می‌باشد. مسجد جامع اصفهان منعکس کننده هنر بیزانس و کلاسیک در قالب یک بنای سنتی و اسلامی است.
