مسجد جامع یزد به شیوه یک ایوان در دل کویر می‌باشد و در طی حدود ۱۰۰ سال و سه دوره بنا شده‌است. پایه‌های اصلی مسجد را ساسانیان و بنای فعلی مسجد، از لحاظ شیوه معماری متعلق به دو دوره موسوم به آذری دانسته‌اند. بنای گنبد خانه متعلق به دوره ایلخانی و سر در رفیع مسجد را متعلق به زمان شاهرخ و دوره تیموری دانسته‌اند. این بنا از لحاظ خوابیدگی گنبد، سردر رفیع وبلند و همچنین کاشیکاری زیبا و منحصربه‌فرد، شهرت دارد. گنبد مسجد بر روی فیلپوش های بزرگی قرار گرفته كه با مقرنس های مزّین به نقوش معقلی پوشیده شده اند. فاصله این فیلپوش ها نیز با كاربندی زیبایی كه بر آنها با خطوط كوفی بنایی كلمات اللّه و محمد نقش بسته، كار شده است. بنای گنبد خانه متعلق به دوره ایلخانی و سر در رفیع مسجد را متعلق به زمان شاهرخ و دوره تیموری دانسته‌اند. این بنا از لحاظ خوابیدگی گنبد، سردر رفیع و بلند و همچنین کاشیکاری زیبا و منحصربفرد، شهرت دارد.
گنبد زیبای مسجد از نوع دو پوستهِ پیوسته بوده و بر آن نقش گل صابونکی معقلی با ظرافت اجرا شده است و بر ساقه آن کلمه "الملک الله" به خط کوفی تکرار شده است.
